《变身忍者》是经典街机游戏，剧情带些科幻色彩。

公元2018年，人类在科技的发展下越来越强大，但当这些技术被邪恶的科学家“王博士”（DR.WONG）所利用，便产生了非常可怕的后果——他自称“预言家”，凭借自己研究的生化科技建立了一个名叫“净化使者”的大型组织，制造出强大的改造人军团以想要把全世界的人类尽数消灭以达到“净化”的目的。

当人类被他摧残的几乎要失去生存希望时，四位勇士站了出来，为了捍卫人类的尊严而奋起反抗，他们就是变身忍者。