南京可以直飞美国的城市有洛杉矶和纽约。

因为南京离上海较近，上海有多个国际机场，而南京禄口国际机场只有洛杉矶和纽约两个直飞美国城市的航班。

如果需要前往美国其他城市，可以选择先飞往洛杉矶或纽约，再转乘内陆航班或其他交通工具到达目的地城市。