临床医学专业学制为八年，分为两个阶段：
第一阶段：
医学预科阶段2.5年，在清华大学生命科学学院进行。课程分为通识教育、专业教育、自主发展课程。学生根据要求选课。通识教育包括政治、体育、外语、文化素质、军事理论等课程。专业教育包括数学与统计课程群（微积分、线性代数、概率论等）、物理课程群（大学物理等）、化学课程群（无机与分析化学、有机化学等）、生物课程群（普通生物学、生物化学等）、生物医学高级课程群（细胞生物学、遗传学、免疫学等）、医学基础课程群（医学导论、医学微生物学基础等）、计算机科学课程群（计算机文化基础、计算机程序设计基础、计算机网络等）。自主发展课程包括生命科学类和多学科交叉课程群等。
第二阶段：
医学阶段5.5年，在北京协和医学院完成；包括1.5年基础学院学习，3年4个月临床学院学习和见实习，8个月专科高阶实习/科研强化训练（自选模块），以及贯穿全程的学术能力构建课程。医学阶段课程包括通识教育、专业教育、自主发展课程。通识教育包括政治、外语、美育课程。专业教育包括人文社会科学与行为科学（医学伦理学、医学心理学等）、生物医学（人体结构功能学、疾病机理与药理学、局部解剖学、医学微生物学、寄生虫学、医学免疫学、医学遗传学、病理解剖学等）、公共卫生课程（医学统计学、流行病学、社会医学等）、临床医学（诊断学、内科学、外科学、妇产科学、儿科学、神经病学、中医学、眼科学、耳鼻喉科学、口腔科学、皮肤科学、急诊医学、精神病学、临床药理学、临床肿瘤学等，含见实习）、科学方法教育（科研导论、循证医学等）。自主发展课程包括专业选修课程和研究生课程。
