目前西湖大学主要招收博士生，而且是和浙江大学、复旦大学等高校联合培养，在西湖大学取得博士授权点前由浙江大学、复旦大学等颁发毕业证和学位证，学费按照浙江大学、复旦大学等标准执行。

根据国家有关部委相关规定和浙江省物价部门的核准，西湖大学向所有纳入全国研究生招生计划的研究生收取学费,其中教育博士学费标准为 10 万元/生·全程，非全日制定向专业学位工程博士学费标准为 15 万元/生·全程，其他专业学费标准为1万元/生·学年。