1. 教育部认可香港理工大学制造系统工程硕士。

2. 香港理工大学是香港特别行政区内的一所高等院校，其学位由香港特别行政区政府认可。

此外，中国教育部与香港特别行政区政府签订了多项协议，其中包括《关于确认互相承认学历学位的安排》，也认可香港高等教育机构颁发的学位证书。

3. 因此，教育部认可香港理工大学制造系统工程硕士，毕业生也可以享受国内公务员考试和事业编制的待遇。