如果印尼商务签证已经超期50天，首先必须立即前往留学生服务中心或当地出入境管理部门进行咨询和解决。根据印尼移民法规定，超期逗留可能会导致罚款、限制入境、取消签证或禁止未来进入该国等严重后果。

因此，必须尽快与相关部门联系，向他们说明情况并进行合理的解释和辩护。同时，尽可能提供一切合法和证明逗留原因的材料。

在这种情况下，积极配合当地有关方面的工作，主动承担后果，以便尽快恢复正常状态。