有可能办理日本签证原因是，申根签证和日本签证是不同地区的签证，可以同时办理。

但是具体情况还要看具体的签证政策和申请条件。

需要先了解日本签证和申根签证的申请要求，以及自身的申请资格和条件。

如果您持有有效的申根签证，并且符合日本签证的申请条件和要求，那么您有可能可以在不影响申根签证的情况下申请和获得日本签证。