九江市航运管理局属于市政府组成部门。

根据《中共九江市委办公室、九江市人民政府办公厅关于印发〈九江市机构改革实施方案〉的通知》（九办发〔2019〕1号），将市交通运输局的港航管理职责、市口岸办公室的有关职责、市农业局的渔船检验和监督管理职责以及市港口管理局的行政职能等整合，组建九江市港口航运管理局。